Question conda - Comment installer des paquets R qui ne sont pas disponibles dans "R-essentials"?


J'utilise une installation Anaconda prête à l'emploi pour fonctionner avec Python. Maintenant, j'ai lu qu'il est possible d'inclure également le monde R dans cette installation et d'utiliser le noyau IR dans le Carnet de notes Jupyter / Ipython.

J'ai trouvé la commande pour installer un certain nombre de paquets R célèbres: conda install -c r r-essentials

La question de mon débutant:

Comment installer des packages R non inclus dans le R-essentiel paquet? Par exemple, les packages R disponibles sur CRAN. "pip" ne fonctionne que pour les paquets Python PyPI, n'est-ce pas?


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2018-01-10 13:25


origine


Réponses:


Maintenant j'ai trouvé la documentation:

Voici la documentation qui explique comment générer des packages R uniquement disponibles dans le référentiel CRAN:    https://www.continuum.io/content/conda-data-science

Allez à la section "Construire un paquet conda R".

(Indice: tant que le paquet R est disponible sous anaconda.org, utilisez cette ressource. Voir ici: https://www.continuum.io/blog/developer/jupyter-and-conda-r)

alistaireLa réponse est une autre possibilité d'ajouter des packages R:

Si vous installez des paquets depuis l'intérieur de R via le install.packages (à partir de miroirs CRAN), ou devtools::install_github (de GitHub), ils fonctionnent bien. @alistaire

Comment faire cela: Ouvrez votre installation R indépendante, puis exécutez la commande suivante:

install.packages("png", "/home/user/anaconda3/lib/R/library")

ajouter un nouveau paquet à la bibliothèque R correcte utilisée par Jupyter, sinon le paquet sera installé dans /home/user/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.2/png/libs mentionné dans .libPaths () .


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2018-01-26 21:00



Pour installer d'autres packages R sur Jupyter au-delà de R-essentials

install.packages('readr', repos='http://cran.us.r-project.org')

Un problème est que le référentiel spécifique est le US.R-Project (comme ci-dessous). J'ai essayé d'autres et cela n'a pas fonctionné.

N.B. Remplacer readr avec tout nom de package souhaité à installer.


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2018-06-28 03:16



J'ai trouvé une solution simple. Je suppose que vous avez un IDE RStudio pour vous R. Il est étrange d'utiliser RStudio pour cela, mais j'ai essayé directement de R dans mon terminal et cela n'a pas fonctionné. Donc, dans la console RStudio, faites simplement l’ajout habituel du chemin à votre répertoire anaconda (sous OSX, '/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library')

Ainsi, par exemple,

install.packages('package','/Users/yourusernamehere/anaconda/lib/R/library')

J'ai honte de publier une telle réponse, mais c'est la seule qui a fonctionné pour moi.


9
2017-09-22 21:28



Voici une réponse centrée sur les conda. Il s'appuie sur la réponse de Frank et le site Web continuum: https://www.continuum.io/content/conda-data-science avec un peu plus de détails.

Certains paquets non disponibles dans r-essentials sont toujours disponibles sur les canaux conda, dans ce cas, c'est simple:

conda config --add channels r
conda install r-readxl

Si vous avez besoin de créer un paquet et de l'installer en utilisant conda:

conda skeleton cran r-xgboost
conda build r-xgboost
conda install --use-local r-xgboost

cette dernière ligne est absente du site Web continu car ils supposent qu'elle est d'abord publiée dans le référentiel anaconda. Sans cela, rien ne sera placé dans le répertoire envs / et le paquet ne sera pas accessible à la ligne de commande R ou Jupyter.

Sur un mac, j'ai trouvé important d'installer le compilateur Clang pour les builds de paquets:

conda install clangxx_oxs-64

4
2018-01-03 20:44



J'ai eu un problème en essayant d'installer le paquet de github en utilisant install_github("user/package") en conda avec r-essentials. Les erreurs étaient multiples et non descriptives.

A pu résoudre un problème en procédant comme suit:

  • télécharger et décompresser le paquet localement
  • activer l'environnement de conda correct (si nécessaire)
  • exécuter R à partir de la ligne de commande
  • library(devtools)
  • install('/path/to/unzipped-package')
  • La commande a échoué en raison de l'absence de dépendances, mais maintenant je sais ce qui manque!
  • courir install.packages('missing-package', repos='http://cran.us.r-project.org') pour toutes les dépendances
  • courir install('/path/to/unzipped-package') encore. Maintenant ça devrait marcher!

1
2017-08-13 15:24



Certains ont suggéré une solution moins élégante, mais ce qui est élégant aussi longtemps que cela fonctionne.

install.packages ('package', '/ Users / yourusernamehere / anaconda / lib / R / library')

J'ai passé presque une matinée entière à chercher une réponse à ce problème. J'ai pu installer les librairies sur RStudio mais pas sur Jupyter Notebook (elles ont différentes versions de R) La solution ci-dessus "presque" a fonctionné, c'est juste que j'ai trouvé que le Jupyter Notebook essayait de s'installer dans un répertoire différent signaler quel répertoire. Donc j'ai seulement changé ça et ça a fonctionné comme un charme ... grâce à Dninhos


1
2017-11-23 23:33



Installer rpy2 avec conda et ajouter la ligne suivante dans votre cahier Jupyter.

%load_ext rpy2.ipython

Dans les prochains morceaux, vous pouvez simplement exécuter n'importe quel code r en spécifiant% R

Voici ma méthode préférée pour installer et / ou charger un paquet

%R if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
%R pacman::p_load(dplyr, data.table, package3, package4)

L'argument p_load sera installer + charger le paquet si ce n'est pas dans votre lib sinon il va simplement le charger.


1
2017-12-22 19:09



J'ai essayé d'installer les paquets R ggplot2, tidyverse, etc. en utilisant les référentiels CRAN en ligne de commande standard et j'ai rencontré plusieurs problèmes et problèmes.

Tout, des fichiers "init.tcl" inutilisables à une chaîne de quinze erreurs de caractères. J'ai pu utiliser le site d'installation de Conda et le site WWW.Anaconda.org pour plus de détails. Cela a installé des packages R dans l'architecture de répertoire Anaconda qui étaient exécutables dans R en environnement terminal, RStudio et R dans les Notebooks Jupyter du navigateur Anaconda.

par exemple: conda install -c r r-tidyverse Très facile et travaillé la première fois.
[Sur Kubuntu 17.04 avec Anaconda Navigator 1.6.2; R version 3.3.2 (2016-10-31)]


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2017-07-28 17:11